En 1480 los Reyes Católicos decretan la edificación de una Capitanía General, que se asienta en Santiago de Compostela. Más tarde, en 1563, por mandato real, pasará a residir en A Coruña y realizará una doble función, al albergar su archivo y la residencia permanente del capitán general.
Las obras se llevan a cabo sobre el solar del antiguo palacio, propiedad en el siglo XV del caballero Gómez Pérez das Mariñas.
Así, por cédula real, en 1563, Felipe II ordena el traslado de la Real Audiencia de Santiago a A Coruña obligando a sus oficiales residir en dicha plaza para procurar el aumento de la población, entonces muy escasa de gente.
La pretensión era revitalizar el comercio, y además la falta de población hacía imposible una defensa adecuada de la ciudad en caso de un ataque enemigo, que proviniese de mar o tierra, de ahí la decisión del monarca.
En 1566, el monarca emite una nueva cédula real por la cual previene que esta Real Audiencia tenga un regente letrado que debía presidir y observar, votar los acuerdos y los autos.
Después, mediante otra cédude 30 de enero de 1580 se ordena que sobre las sentencias que dicte la Real Audiencia de A Coruña sobre pleitos y causas habidas cuyo valor no supere los mil ducados de vellón, no pueda interponerse apelación alguna contra la Cancillería de Valladolid y tan solo se admitan los recursos de súplica ante los jueces de dicha Real Audiencia.
En 1569, con motivo de una grave epidemia desatada en la ciudad coruñesa, la Real Audiencia se traslada a Ourense, pero solo temporalmente, pasando de nuevo a Santiago, desde donde es obligada a regresar a A Coruña en 1612 mediante una Cédula Real, librada por el monarca Felipe III.
La fábrica que alberga a la Real Audiencia y la vivienda del capitán general, según consta en los antiguos escritos que hasta nuestros días han llegado, indican que salvo las iglesias, A Coruña no tenía en el siglo XVII ningún edificio digno de mención, con una torre arruinada. Los edificios de la ciudad Alta albergaban el palacio de la Harina, Veeduría, Cárcel, Real Maestranza de Artillería, Real Audiencia y Capitanía General eran caserones, levantados antes del siglo XVI y propiedad de los hidalgos de la ciudad coruñesa, entre los que destacaba la familia de Pérez das Mariñas.
Según cuenta Tettamancy, el palacio de la Harina estaba ubicado en los solares donde se levanta más tarde la Real Audiencia y Capitanía General de Galicia, propiedad de la familia de los Pérez das Mariñas, pasando la casa de la Harina a otro edificio situado en la plaza del mismo nombre.
Cuando la Real Audiencia se asienta en A Coruña en 1578 se ocupan los terrenos de las denominadas ‘Casas Reales’, dos caserones propiedad de los Pérez das Mariñas donde en la actualidad se asienta la Capitanía.
Las edificaciones de entonces, con suelos de madera, no eran los apropiados para el continuado uso de la administración o el trasiego militar y el 10 de diciembre de 1738 se libra en Madrid una provisión de Su Majestad para que la Real Audiencia disponga su traslado ante la inminente ruina de la casa que ocupaba entonces. Un año después, el mismo edificio es apuntalado para evitar su ruina y la institución se muda a otros edificios de la ciudad alta.
En 1745, la Junta del Reino trata la imperiosa necesidad de reedificar en el mismo solar la Real Audiencia y que esta contase con cisterna, reloj, habitaciones para la vivienda del capitán general y las dependencias precisas para el funcionamiento de la Real Audiencia. Así, por real orden de Fernando VI, se levanta la Cárcel Real, situada sobre la muralla de O Parrote.
En los acuerdos del 14 de julio de 1748, el concejo da lectura a una carta enviada por el marqués de la Ensenada al capitán general del reino confirmando lo dicho por el rey para la edificación de la Real Audiencia, así como la cárcel cercana al mismo edificio y encargando este proyecto a Juan de Vergel Reyllo.
El 3 de septiembre, Fernando VI expide en Madrid la real cédula en que confirma la construcción del nuevo palacio de la Real Audiencia y vivienda del capitán general del reino, indicando en la misma el levantamiento de la cárcel en las demarcaciones de aquella Real Audiencia e inmediato a palacio. Cuando rematan las obras en su fachada principal se coloca el escudo real y los del entonces Reino de Galicia en el frontón de la de la izquierda, y el de la Real Audiencia en el de la derecha.
En este edificio se instala también el archivo, el cual en un principio se tenía pensado trasladarlo a la ciudad de Betanzos, y para ello el 17 de octubre de 1775 se libra una carta del conde de Ricla para que aquella fábrica no acoja al archivo de la Real Audiencia a pesar de haberlo hecho a las expensas del propio Reino de Galicia. Entonces, el mencionado edificio pasa a ser un cuartel para albergar las tropas del rey.
El 17 de marzo de 1763, mediante una comunicación del marqués de Esquilache, se ordena la construcción de un archivo para la Real Audiencia en Santiago de Compostela, llegando las instituciones de A Coruña y el pueblo en su conjunto a oponerse a aquel traslado por miedo a perder su Real Audiencia, y el archivo permanece en A Coruña de modo definitivo.